2009年12月10日国家税务总局《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）规定了非居民企业间接转让中国居民企业股权征税的管理规定，其依据是《企业所得税法》中的一般反避税条款和境内外所得来源地规则，但规定不够清晰，操作难度较大。非居民企业间接转让股权的一般模式见图：一个设立在英属维尔京群岛的A公司，把其设立在香港的B公司（为中国居民企业C公司的母公司）股权转让给设立在美国的D公司。
一、中国征税权的依据
按照《企业所得税法》的一般规定，由于被转让的B公司不在中国境内，中国不具有对其转让收益征收企业所得税的权利。中国政府之所以能够对其转让收益征收企业所得税，前提条件是这种股权转让行为不具有合理商业目的，即已减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的，按照实质重于形式的原则，否定被用作税收安排的B公司的存在，从而判定A公司实质转让的企业是C公司。那么，什么是合理商业目的，B公司在何种情形下属于用作税收安排的境外控股公司，国家税务总局并未作出具体规定。目前征税的案例都是个案处理，中国是成文法国家，个案不足以推至所有类似问题，需要法律上予以明确。
二、对非居民企业多层间接转让中国居民企业股权的税务处理
非居民企业A公司通过两层间接控股中国居民企业C公司，即通过B1公司控股B2公司，B2公司直接控股C公司，A公司把B1公司股权转让给设立在美国的D公司（非居民企业）。在这种情况下，被转让的B1公司间接持有中国居民企业C公司的股权，如果B1公司可以被否定其实质存在的话，那么可否接着适用同样的方法对B2公司的实质存在进行判定并予以否定？由此类推，假设被转让的企业通过四层至五层才到C公司，是否可以同样照此办理？以上问题需要明确。
三、股权转让成本价的确定
假设在图中，A公司投资1万美元设立B公司，B公司投资2亿美元设立C公司，A公司以3亿美元转让B公司给D公司。如果中国政府能够对上述股权转让收益征收企业所得税的话，其股权成本价是2亿美元还是1万美元，也需要予以明确。还有，如果A公司的间接转让股权所得已被征税，那么之后B公司直接转让C公司时，如何确定计税成本等问题，也未明确。
四、境外投资者的集团内重组涉及间接转让中国居民企业股权是否征税
在图中，如果公司A直接控制D公司100%股权，并且公司A以成本价把公司B转让给公司D，那么中国政府对境外投资者在集团内重组涉及间接转让中国居民企业C股权的行为，是否还要采取一般反避税手段，或者说对于境外重组可否采取类似财税[2009]59号文件中的特殊性税务处理措施？这一问题不予明确，不仅影响境外投资者的集团内重组，而且也给税务机关带来压力。
五、税收协定的适用
如果中国税务机关按照国内税法拟定对A公司间接转让C公司的所得征税，那么A公司可否申请享受其所在国与中国签订的税收协定中的有关税收优惠？这一问题直接关系协定国之间税收权益的协调，急需解决好，否则会引发国际税务纠纷。
六、股权转让所得的计算不够规范
股权转让所得等于股权转让价减除股权转让成本后的余额。698号文规定：非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的，税务机关有权按照合理方法进行调整，但是合理方法是什么尚未作出规定，导致基础税务机关在具体执行中难以适从，出现不规范或者随意确定股权转让价现象时有发生。
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