近日，国家税务总局发布《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年第6号，以下简称《办法》），《办法》是国家税务总局继发布《关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号，以下简称42号公告）、《关于完善预约定价安排管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第64号，以下简称64号公告）之后再次出手，对《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号，以下简称2号文）相关内容的修订、完善。《办法》在2号文及其配套文件基础上，融入了BEPS行动计划的新要求，形成BEPS背景下转让定价新规的体系化集成。与2号文及其配套文件相比，《办法》主要有十二大变化，企业应予以关注，更好地应对新的税务挑战。
变化1：鼓励纳税人自行调整补税
《办法》援用《国家税务总局关于特别纳税调整监控管理有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第54号，以下简称54号公告）的相关规定，将风险管理的思路引入特别纳税调整，鼓励纳税人自行调整补税。
同时取消了54号公告第一条中“纳税人按照有关规定20日之内提供同期资料或者其他有关资料”的要求，减轻了纳税人在不同特别纳税调整风险程度上都必须提供同期资料或其他有关资料的负担。
《办法》还明确了自行调整补税时应当填报《特别纳税调整自行缴纳税款表》，解决了54号公告自行调整补税的具体申报程序问题。
变化2：扩大了调查调整范围
《办法》对特别纳税调查调整范围不再局限于2号文“转让定价调查调整”的范围，而是囊括了企业所得税法及其实施条例第六章和2号文所涵盖的所有“特别纳税调整”范围，即2017年5月1日《办法》施行后，特别纳税调查程序将适用于对企业的转让定价、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化、一般反避税等事项的特别纳税调查调整。
此外，《办法》将2号文第七十六条“并非由于合理的经营需要而对利润不作分配或者减少分配”内容置于重点关注对象中，预示着受控外国企业是否进行利润分配将纳入特别纳税调查调整管理；将“实施其他不具有合理商业目的的税收筹划或者安排”列入具有风险的重点关注对象，实质是将2号文一般反避税管理条款中涵盖的“其他不具有合理商业目的的安排”平移到《办法》中。
变化3：特别纳税调查程序有变化
《办法》第五条规定，只有对特别纳税调整立案调查的企业实施调查时，才需要向其送达《税务检查通知书（一）》。而2号文第三十二条规定，税务机关对已确定的调查对象现场调查时，调查人员应出示《税务检查证》，并送达《税务检查通知书》。
对于纳税人提供资料以及税务机关的取证要求，《办法》作出了具体规定。其中有许多新增规定，比如“以电子数据证明案件事实的”，首次明确了税务机关可以采取的取证方式。
变化4：完善了可比性分析
《办法》沿袭了2号文第二十二条可比性分析的内容，并参考OECD转让定价指南及42号公告的规定，作了修订和完善。
1.第十五条交易资产或者劳务特性中增加了“金融资产”，与42号公告关联交易类型增加了“金融资产”相匹配；
2.对于“合同条款”的分析，增加了“合同条款分析应当关注企业执行合同的能力与行为，以及关联方之间签署合同条款的可信度等”；
3.第十五条经济环境的分析中提出了中国税务机关一贯坚持的“成本节约、市场溢价等地域特殊因素”的分析。进行“地域特殊因素”分析，已成为42号公告同期资料“本地文档”中必不可少的组成部分。
在被调查企业可比性分析评估与选择上，要求：
1.应当在分析评估交易各方功能风险的基础上，选择功能相对简单的一方作为被测试对象；
2.在可比性分析的信息使用上，可以使用公开和非公开信息，但强调公开信息优先使用原则；
3.税务机关在分析评估被调查企业关联交易是否符合独立交易原则时，明确提出了“可比企业利润或价格的平均值的年度或逐年计算”，比之于四分位法，多了符合独立交易原则下的可比利润或可比价格的选择。
变化5：完善了转让定价方法
《办法》援用了2号文中所明确的各种转让定价方法，并予以修订和完善。
1.可比非受控价格法，《办法》保持了与42号公告所明确的交易类型一致的用语；
2.再销售价格法，基本是2号文平移过来的；
3.成本加成法，保留了2号文成本加成法的全部内容；
4.交易净利润法，《办法》有许多新内容，也是整个转让定价方法部分变化最大的；
5.利润分割法，提出“当难以获取可比交易信息但能合理确定合并利润时，可以结合实际情况考虑与价值贡献相关的收入、成本、费用、资产、雇员人数等因素，分析关联交易各方对价值作出的贡献，将利润在各方之间进行分配”；
6.提出了其他符合独立交易原则的方法包括成本法、市场法和收益法等资产评估方法。
变化6：强化对单一功能企业亏损的监控
《办法》在整合2号文第三十九条及《国家税务总局关于强化跨境关联交易监控和调查的通知》（国税函〔2009〕363号）的基础上明确：企业为境外关联方从事来料加工或者进料加工等单一生产业务，或者从事分销、合约研发业务，原则上应当保持合理的利润水平。
该类企业如出现亏损，无论是否达到42号公告中的同期资料准备标准，均应当就亏损年度准备同期资料本地文档。税务机关应当重点审核上述企业的本地文档，加强监控管理。
变化7：要求无形资产价值贡献与收益分配
对于无形资产的价值贡献，《办法》全面借鉴了BEPS8-10号行动计划《无形资产针对转让定价指南》第六章的修订。
对于企业与其关联方转让或者受让无形资产使用权而收取或者支付的特许权使用费，其分析框架植入了《国家税务总局关于企业向境外关联方支付费用有关企业所得税问题的公告》（国家税务总局公告2015年第16号，以下简称16号公告）中关于向境外关联方支付特许权使用费的精神。
16号公告在特许权使用费支付上对“不得扣除”采取了原则性描述，《办法》则以列举的方式规范了特许权使用费收取或支付的调整机制，为税务机关具体操作提供了法律依据。
变化8：强调关联劳务转让定价要合规
《办法》第三十五条、三十六条体现了《BEPS8-10号行动计划：低附加值集团内劳务》针对《转让定价指南》第七章的修订的内容：“从转让定价角度探讨在确定跨国企业集团成员与集团其他成员是否有提供服务的活动存在以及确定这些劳务的价格是否符合独立交易原则时产生的问题。”即关联劳务主要涉及两方面的问题：
1.是否提供了关联劳务，需要制定认定或判定规则；
2.确定使用独立交易定价原则时需要考虑的因素。
变化9：实施特别纳税调整更谨慎
《办法》第四十条援用了2号文第四十三条税务机关实施转让定价纳税调整的程序性规定，但相较于2号文规定，《办法》实施特别纳税调整的程序性规定，无论是总的提法，还是具体程序的操作，都更加谨慎，依据更加明确。就其程序性规定看，《办法》第四十条中的各款几乎都有调整或补充。
变化10：明确了加收滞纳金的情形
《办法》第四十四条明确了加收滞纳金情形：以“超过《特别纳税调查调整通知书》补缴税款期限仍未缴纳税款的”，解决了征纳双方在实际操作中的争议。
对于自行调整补税的变化是，54号公告直接明确按照基准利率加收利息，而《办法》第四十五条在54号公告的基础上，增加了“且主动提供同期资料或按税务机关要求提供其他相关资料的”，才能按照基准利率加收利息。
变化11：明确了相互协商程序的内容
《办法》明确相互协商程序涵盖的内容包括：双边或者多边预约定价安排的谈签；税收协定缔约一方实施特别纳税调查调整引起另一方相应调整的协商谈判。
《办法》详细列举了税务机关可以拒绝、暂停、终止相互协商程序的具体情形；明确了双边协商结果送达、补征、退还税款等具体工作程序等。
变化12：增减了特别纳税调查调整表单
相较于2号文，《办法》关于特别纳税调查调整表单主要填报内容的主要变化包括：
1.新增《特别纳税调整自行缴纳税款表》《启动特别纳税调整相互协商程序申请表》《特别纳税调整相互协商协议补（退）税款通知书》；
2.保留《关联关系认定表》《关联交易认定表》《特别纳税调查结论通知书》《协商内容记录》《特别纳税调查初步调整通知书（含企业所得税调整项目表、其他税种调整项目表、各项税收应补（退）明细表）》《特别纳税调查调整通知书》，只是表名、格式或引用的法律依据等有变化；
3.取消《企业功能风险分析表》《企业可比性因素分析表》《企业可比性因素分析认定表》；
4.将《企业年度关联交易财务状况分析表》平移到22张关联申报表中。
