营改增已经实施了四个阶段，第一个阶段2012年11月1日起交通运输业和部分现代服务业营改增试点；第二个阶段2013年8月1日起交通运输业和部分现代服务营改增试点全国推广，增加广播影视业；第三个阶段2014年1月1日起铁路运输、邮政业纳入营改增；第四个阶段2014年6月1日起电信业营改增。随着营改增的不断推进，增值税扣税凭证增加了一种扣税凭证，税收缴款凭证，减少了一种扣税凭证，运输费用结算单据。现阶段增值税扣税凭证，是指增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票和税收缴款凭证。
一、减少的扣税凭证（运输费用结算单据）
随着营改增的逐步实施，运输费用结算单据抵扣的范围和允许抵扣的税额都执行相应阶段的政策，到营改增的第三个阶段，运输费用结算单据这一抵扣凭证彻底退出了增值税抵扣的历史舞台。
1、营改增第一个阶段，部分省市开展交通运输业和部分现代服务业试点。
接受试点纳税人中的增值税一般纳税人提供的交通运输业服务，按照货物运输业增值税专用发票上注明的增值税额计算进项税额；接受试点纳税人中的小规模纳税人提供的交通运输业服务，按照取得的代开增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额。
接受交通运输业服务，除取得增值税专用发票外，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
试点纳税人从试点地区取得的试点时间以后开具的运输费用结算单据（铁路运输费用结算单据除外），不得作为增值税扣税凭证。
上海市在2012年1月1日完成新旧税制转换、北京市于2012年9月1日完成新旧税制转换，江苏省、安徽省于2012年10月1日完成新旧税制转换，福建省、广东省于2012年11月1日完成新旧税制转换，天津市、浙江省、湖北省应当于2012年12月1日完成新旧税制转换。
2、营改增第二个阶段，除铁路运输之外交通运输业试点推广到全国。
接受试点纳税人中的增值税一般纳税人或小规模纳税人提供的除铁路运输外的交通运输业服务，按照货物运输业增值税专用发票（包括代开的）上注明的增值税额计算进项税额。
接受铁路运输服务，按照铁路运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
2013年8月1日（含）以后开具的运输费用结算单据（铁路运输费用结算单据除外），不得作为增值税扣税凭证。
3、营改增第三阶段，铁路运输纳入营改增试点范围。
2014年1月1日（含）以后开具的运输费用结算单据，不得作为增值税扣税凭证。
二、增加的扣税凭证（税收缴款凭证）
从营改增开始试点起，税收缴款凭证就作为代扣代缴的一种凭证进入了增值税抵扣的链条，具体规定为：
接受境外单位或者个人提供的应税服务，从税务机关或者境内代理人取得的解缴税款的中华人民共和国税收缴款凭证（以下称税收缴款凭证）上注明的增值税额。
纳税人凭税收缴款凭证抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
目前总局暂无相关规范性文件规定税收缴款凭证申报抵扣时限。
三、其他增值税扣税凭证
1、增值税专用发票
从销售方或者提供方取得的增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票、税控机动车销售统一发票）上注明的增值税额计算进项税额。
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定：增值税一般纳税人取得的增值税专用发票（包括：《增值税专用发票》、《货物运输业增值税专用发票》、《机动车销售统一发票》），应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
2、海关进口增值税专用缴款书
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额计算进项税额。
国家税务总局海关总署公告2013年第31号规定：自2013年7月1日起，增值税一般纳税人（以下简称纳税人）进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定，自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。
3、农产品收购发票、农产品销售发票
购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：
进项税额=买价×扣除率
买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。
购进农产品，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》抵扣进项税额的除外。
农产品销售发票目前总局暂无相关政策规定抵扣时限。
