外资企业在终止经营后，在企业注销过程中应按税法规定进行企业所得税清算，根据清算所得计算缴纳所得税后即完成全部企业所得税纳税义务。外资企业进行清算分配时，可能涉及对外方投资者要依法代扣代缴非居民企业所得税的问题。
根据《企业所得税法》规定，非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。同时，《企业所得税法》规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。
对非居民企业所得应缴纳所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。外资企业注销时，外资企业作为股息所得和股权转让所得的支付人，应依法代扣代缴外方投资者的非居民企业所得税。
依据《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）的规定，在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成，首次投资时的币种。
外资企业作为扣缴义务人应扣未扣的，应按税收征管法第69条和《国家税务总局关于贯彻〈中华人民共和国税收征收管理法〉及其实施细则若干具体问题的通知》（国税发〔2003〕47号）文件规定，分别确定扣缴义务人和纳税人的责任，即应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣的税款补扣或向纳税人追缴应缴未缴的税款，同时对扣缴义务人处应扣未扣税款50%以上3倍以下罚款。
