纳税人在使用增值税发票系统升级版系统过程中应注意以下六方面问题：
第一，增值税发票系统升级版纳税人端税控设备包括金税盘或税控盘。除通用定额发票、客运发票和二手车销售统一发票外，一般纳税人和起征点以上小规模纳税人发生增值税业务对外开具发票应当使用税控专用设备开具。
第二，纳税人应在互联网连接状态下在线使用增值税发票系统升级版开具发票。增值税发票系统升级版可自动上传已开具的发票明细数据。
第三，纳税人因网络故障等原因无法在线开票的，在税务机关设定的离线开票时限和离线开具发票总金额范围内仍可开票，超限将无法开具发票。纳税人开具发票次月仍未连通网络上传已开具发票明细数据的，也将无法开具发票。纳税人需连通网络上传发票数据后方可开票，若仍无法连通网络的，需携带专用设备到税务机关进行征期报税或非征期报税后方可开票。
第四，按照有关规定不使用网络办税或不具备网络条件的特定纳税人，以离线方式开具发票，不受离线开票时限和离线开具发票总金额限制。
第五，纳税人应在纳税申报期内将上月开具发票汇总情况通过增值税发票系统升级版进行网络报税。特定纳税人不使用网络报税，需携带专用设备和相关资料到税务机关进行报税。除特定纳税人外，使用增值税发票系统升级版的纳税人，不再需要到税务机关进行报税，原使用的网上报税方式停止使用。
第六，一般纳税人发票认证、稽核比对、纳税申报等涉税事项仍按照现行规定执行。
